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【医療・クリニックの確定申告の相談】医療・クリニックならではの業務もまるごと|紹介料0円

外来が終わって、カルテを閉じたら、今度は領収書の山。
年が明けると、支払基金の通知と通帳とレシートを並べて、夜中まで電卓をたたく。
そんな院長先生のために、社畜るは確定申告を頼める税理士の先生を紹介料0円でご紹介しています。

紹介するのは、セブンコードのチームにいる税理士・公認会計士の先生です。
保険診療と自由診療の売上、医薬品や医療材料の仕入れ、スタッフの給与、医療機器のリースの記帳は、社畜るの経理代行(記帳だけなら月額500円〜)で引き受けるので、先生には申告と税金の相談に集中してもらえます。
書類集めから先生とのやりとりまで、窓口は社畜るひとつです。

聴診器
確定申告の相談なら社畜る
目次
  1. 医療・クリニックの確定申告で、こんなことになっていませんか?
  2. 社畜るの医療・クリニックの確定申告の相談(税理士紹介)とは
    1. 確定申告の代行ができるのは税理士だけ
    2. 記帳は経理代行、申告は先生
    3. 個人の開業医と、医療法人で頼むものが違う
  3. 医療・クリニックの確定申告は、ほかの業種と何が違う?
    1. 保険診療・自由診療・その他を分けて申告する
    2. 社会保険診療報酬の特例(概算経費)を使えるか
    3. 非常勤の給与や講演料も、同じ申告に入る
    4. 消費税:保険診療は非課税、自由診療は課税
    5. 個人事業税:社会保険診療の分はかからない
    6. クリニックで迷いやすい経費
    7. 開業した年の確定申告
  4. 医療・クリニックで任せられること・任せられないこと
  5. 医療・クリニックの確定申告の流れと、誰が何をするか
  6. 医療・クリニックで、確定申告を税理士に任せたほうがいいケース
    1. ①開業した年
    2. ②概算経費の特例の境目にいる
    3. ③自由診療・健診・物販が増えてきた
    4. ④所得が増えて、医療法人にするか迷っている
    5. ⑤診療が忙しくて、毎年期限ギリギリになる
    6. 自分でやってもいいケース
  7. 医療・クリニックの確定申告を税理士に頼むメリット・デメリット
    1. メリット
    2. デメリット
  8. 医療・クリニックの確定申告を税理士に頼む費用の相場
    1. 費用が決まる5つの要素
    2. 費用を抑える5つのコツ
  9. 社畜るの医療・クリニックの確定申告の相談が選ばれる5つの理由
    1. ①紹介料0円
    2. ②記帳を経理代行に回して、申告の費用を抑えられる
    3. ③先生はセブンコードのチームの税理士・公認会計士
    4. ④経理も採用も業務も、窓口ひとつ
    5. ⑤経理代行は初期費用0円・縛りなし・最短3日で開始
  10. なぜ紹介料0円で、記帳が月額500円〜なのか?
    1. 提供の裏側の会話
  11. 医療・クリニックの確定申告の相談の料金
  12. 経理代行の料金
    1. 記帳だけ経理代行
    2. 経理をまるごと業務代行
  13. 一般的な頼み方と、社畜るの違い
  14. 医療・クリニックの確定申告を頼む税理士の選び方
  15. 確定申告を頼むならいつまで?クリニックの1年のスケジュール
    1. 期限を過ぎた・過去の分が心配な場合
  16. 医療・クリニックの確定申告を頼む前に準備しておく書類
  17. 導入事例:セブンコードの経理は外注費が月50万→20万以下に
    1. やったこと
    2. うまくいかなかったこと
    3. クリニックの記帳でも、最初に分け方を決める
  18. ご利用の流れ
  19. よくある質問
  20. まとめ:クリニックの確定申告は先生に、記帳は社畜るに投げてください

医療・クリニックの確定申告で、こんなことになっていませんか?

  • 診療が終わってから、院長が夜に領収書の入力をしている
  • 保険診療と自由診療の売上を、申告でどう分けて書けばいいのかわからない
  • 支払基金や国保連からの振込と、診療した月の数字がつながらない
  • 開業した年で、開業前に払ったお金をどう扱えばいいのか見当がつかない
  • 「概算経費の特例」を使えるのか、使ったほうが得なのか判断できない
  • 非常勤で行っている病院の給与や、講演料・原稿料をどう合わせればいいか迷っている
  • 自由診療が増えてきて、消費税がかかるのか不安になってきた
  • 所得が増えてきて、医療法人にするかを考えはじめている
  • 税理士に頼みたいけど、医療をわかっている先生をどう探せばいいかわからない

確定申告の先生探しも、記帳も、ウチに投げてください。
紹介料はいただきません。

ハマノーンハマノーン

全部当てはまったぞ。ワシは昼は院長、夜は経理部長、2月は徹夜の申告係だ。

すずきすずき

その3つのうち2つは、ウチと先生で引き取れます。院長の席だけ残してください。

社畜るの医療・クリニックの確定申告の相談(税理士紹介)とは

社畜るの医療・クリニックの確定申告の相談は、セブンコードのチームにいる税理士・公認会計士の先生を、確定申告をお願いする先生としてご紹介するサービスです。
お客さまから紹介料はいただきません。

申告の料金は、お客さまと先生の契約です。
売上の大きさ、保険診療と自由診療の割合、青色か白色か、開業した年かどうか、頼む範囲で変わるので、ご紹介のときに先生から見積もりをお出しします。

確定申告の相談の全体の中身は、確定申告の相談のページにもまとめています。
毎月の経理(診療報酬の入金と未収の照らし合わせ・医薬品の仕入れ・スタッフの給与など)をまとめて任せたい場合は、医療・クリニックの経理代行のページをご覧ください。

確定申告の代行ができるのは税理士だけ

確定申告書をつくって出す仕事は、税理士の独占業務です。
税務代理(申告など)・税務書類の作成・税務相談の3つは、税理士法で税理士(税理士法人)にしかできないと決められています。
お金をもらわなくても、税理士でない人が反復してやれば違反です(国税庁「税理士業務とは」)。

クリニックには、医療機器の業者、開業コンサルタント、医薬品の卸など、たくさんの人が出入りします。
「申告もついでに見ておきますよ」と言われても、相手が税理士でなければ頼んではいけません。
頼む前に、相手が税理士として登録されているかは必ず確かめてください。

記帳は経理代行、申告は先生

一方で、日々の帳簿づけ(記帳)は独占業務に入りません。
だから社畜るでは、記帳はセブンコード、申告と税金の相談はチームの先生、と線を引いています。
セブンコード自身が申告書をつくったり、税金の相談を受けたりすることはありません。

クリニックの確定申告で時間がかかるのは、申告書を書くところではありません。
窓口の入金・支払基金と国保連からの振込・自由診療のカード入金・医薬品の請求書・スタッフの給与・リース料を、1年分きちんと分けて整理するところです。
ここを社畜るが毎月少しずつ片づけておくので、先生には整った帳簿を渡せます。先生の作業が減るぶん、申告の費用も抑えやすくなります。

個人の開業医と、医療法人で頼むものが違う

個人の開業医(個人の診療所)医療法人
年に1回の申告所得税の確定申告(2月16日〜3月15日)法人税の決算申告(決算から原則2か月以内)
院長の収入診療所のもうけがそのまま院長の事業所得院長は医療法人から役員報酬を受け取り、院長個人も確定申告をすることが多い
社会保険診療報酬の特例要件を満たせば使える(措置法26条)法人向けの特例がある(措置法67条)
ほかの届け出保健所への届け出など毎会計年度の終わりから3か月以内に、事業報告書などを都道府県に届け出る
頼み方の多い形確定申告だけをスポットで、または顧問契約顧問契約(毎月の相談+決算申告)
社畜るのページこのページ顧問税理士の紹介

医療法人の事業報告書の届け出については、厚生労働省のリーフレットで案内されています。
医療法人の決算申告と毎月の相談をまとめて頼みたい場合は、顧問税理士の紹介のページもあわせてご覧ください。

ハマノーンハマノーン

税理士を紹介する会社が、なんで記帳までやるんだ?

すずきすずき

記帳まで先生に頼むと、そのぶん高くなるからです。記帳はウチ、申告は先生、と分けると安く回ります。

医療・クリニックの確定申告は、ほかの業種と何が違う?

街の薬局の看板

開業医の確定申告も、「1年の収入から経費を引いて所得を出し、税金を計算する」流れはほかの業種と同じです。
ただ、保険診療と自由診療で扱いが分かれること、開業医だけが使える経費の特例があること、消費税や個人事業税で社会保険診療の分が別扱いになることなど、医療ならではの論点が重なります。
ここを知らずに申告すると、払いすぎたり、あとで税務署から指摘を受けたりしやすくなります。

保険診療・自由診療・その他を分けて申告する

個人の診療所の青色申告では、ふつうの青色申告決算書に加えて、医師・歯科医師用の付表をつけます。
この付表では、社会保険診療報酬を請求先ごと(支払基金・国保連など)に、件数・実日数・決定点数・振込額を書きます。
振込額は、源泉徴収される前の金額で書くことになっています。

収入中身の例申告での注意
社会保険診療報酬保険診療で、支払基金・国保連に請求する分と、窓口の一部負担金請求先ごとに分けて付表に書く。12月診療分のように、年をまたいで振り込まれる分もその年の収入
自由診療収入自費の診療、美容の施術、健康診断・人間ドック、予防接種など社会保険診療とは分けて集計する。消費税がかかるものが多い
その他の収入診断書などの文書料、物販、医薬品の仕入れのリベート、自動販売機の手数料など雑収入として計上する

出典:国税庁「青色申告決算書(一般用)の付表《医師及び歯科医師用》の記載要領」(令和4年分の手引き)

窓口で受け取るはずの一部負担金が年末に未収になっている分も、その年の「収入すべき金額」に入ります。
TKC医業経営情報の解説では、保険診療の収入は支払基金などが出す資料で確かめ直すこと、知人や職員を無料で診た分の扱いに注意することも挙げられています。
どれも、毎月の記帳で分けておかないと、申告の前に1年分を掘り返すことになる項目です。

社会保険診療報酬の特例(概算経費)を使えるか

開業医には、「社会保険診療報酬の所得計算の特例」(租税特別措置法26条)という、ほかの業種にはない仕組みがあります。
実際にかかった経費のかわりに、社会保険診療報酬の額に応じた率で計算した金額を、社会保険診療の分の経費にできる特例です。

使えるのは、次の両方を満たす年です。

  • その年の社会保険診療報酬が5,000万円以下
  • 医業・歯科医業の事業所得の総収入金額(自由診療なども含む)が7,000万円以下

この特例は毎年選べます。
ただし、解説記事では、使った年は青色事業専従者給与を経費にできないことや、自由診療など社会保険診療以外の分の経費は実際の金額で計算すること、が注意点として挙げられています(TKC医業経営情報)。
つまり、「実際の経費で計算した場合」と「特例で計算した場合」を毎年くらべて、得なほうを選ぶ必要があります。

くらべるには、経費が社会保険診療の分と自由診療の分のどちらにかかったのかが分かる帳簿がいります。
特例を使うかどうかの判断は先生の仕事ですが、その材料になる帳簿をつくるのは、社畜るが引き受けられるところです。

ハマノーンハマノーン

経費が何割とか書いてある記事を見たぞ!ワシは使えるのか?

すずきすずき

率と、使えるかどうかの判断は先生に聞いてください。ウチは、くらべるための帳簿を用意します。

非常勤の給与や講演料も、同じ申告に入る

開業医の確定申告は、診療所の事業所得だけでは終わりません。
TKC医業経営情報の解説では、開業医に関係しやすい所得として、次のようなものが挙げられています。

所得開業医によくある例
事業所得診療所の保険診療・自由診療・文書料・物販など
給与所得開業前に勤めていた病院の給与、開業後に非常勤で行く病院や施設、産業医などの給与
一時所得生命保険の一時金、損害保険の満期返戻金、ふるさと納税の返礼品など
雑所得公的年金、講演料・原稿料など

特に開業した年は、勤めていた病院の源泉徴収票と、開業してからの診療所の数字を両方入れる年です。
源泉徴収票や支払調書は、届いたらすぐに社畜るに送ってください。申告の前に先生へまとめて渡します。

消費税:保険診療は非課税、自由診療は課税

社会保険医療は、消費税がかからない(非課税)取引です。
一方で、美容整形のような自由診療や、差額ベッド代、市販薬の販売などは非課税になりません(国税庁 No.6201)。

保険診療が中心のクリニックは、消費税の課税事業者かどうかを決める「課税売上高」が小さくなりやすく、消費税の申告がいらないことも多いです。
ただ、自由診療・健診・予防接種・文書料などが増えてくると、課税売上高が1,000万円を超えて課税事業者になることがあります。
企業の健康診断を受けている場合は、相手の企業からインボイスの登録を求められることもあります。

課税事業者になったときの計算方法も、クリニックならではの論点です。

  • 簡易課税:業種ごとの「みなし仕入率」で計算する方法。医療はサービス業などの第5種に当たるのが一般的です(国税庁 No.6509)。物販など、取引によって区分が変わることがあるので、どれに当たるかは先生に確かめてください
  • 2割特例:インボイスの登録をきっかけに課税事業者になった個人事業者が、納める消費税を売上の消費税の2割にできる特例。個人事業者が使えるのは2026年(令和8年)分の申告までです
  • 3割特例:2027年分・2028年分は、要件に合えば納める額を売上の消費税の3割にする特例が使えます(国税庁 令和8年度税制改正の資料)

医薬品や医療機器の仕入れは消費税がかかっていても、保険診療の売上には消費税がかからないので、仕入れの消費税を全部は引けないのが医療の特徴です。
どの方法で計算するかで納める額は変わるので、課税事業者になりそうな年は、早めに先生と相談しておくのが安全です。

個人事業税:社会保険診療の分はかからない

個人事業税は、都道府県が業種を判定してかける税金です。
医業は、税率5%の第3種事業に入ります。
ただし、医業などの社会保険診療報酬に係る所得は、個人事業税では非課税とされています(北海道「個人事業税」)。

つまり、個人事業税がかかるのは、主に自由診療などの分の所得から、事業主控除(年290万円)を引いた部分です。
非課税の分を分けて計算してもらうには、確定申告のときに社会保険診療の分がわかる形で申告しておく必要があります。手続きは都道府県ごとに違うので、先生とお住まいの都道府県の案内で確かめてください。

ハマノーンハマノーン

税金が3つも4つもあるのか……。ワシは診察だけしていたいんだ。

すずきすずき

診察だけしていてください。税金の分け方は先生、帳簿の分け方はウチがやります。

クリニックで迷いやすい経費

支出勘定科目の例よくある迷い申告の前にそろえておくもの
医薬品・医療材料・検査の外注仕入高・外注費年末に残った医薬品の在庫をどうするか卸の請求書・納品書、年末の在庫の数
看護師・医療事務のスタッフの給与給料賃金・法定福利費社会保険・労働保険の会社負担分の計上もれ給与の明細・保険料の通知
家族に払う給与専従者給与届出を出しているか、勤務の記録があるか。概算経費の特例を使う年は経費にできない届出の控え・タイムカードや業務日誌
医療機器・電子カルテ・内装減価償却費・リース料一度に経費にできるか、何年かに分けるか。リースか買い取りか見積書・契約書・リースの明細
診療所兼自宅の家賃・光熱費・車地代家賃・水道光熱費・車両費仕事の分だけ(家事按分)。床面積や使う時間など、説明できる基準がいる契約書・検針票・按分のメモ
医師会費・学会費・研修費・医学書諸会費・研修費・新聞図書費診療とのつながりが説明できるか領収書・学会の案内
製薬会社や紹介元の先生との会食接待交際費税務調査で聞かれやすい領収書に相手・人数・目的のメモ
スタッフの忘年会・差し入れ福利厚生費全員が対象か領収書・参加者のメモ

最後の最後に「これは経費になるのか」を決めるのは、先生と税法です。
社畜るは、先生がすぐに判断できるように、支出ごとに分けた帳簿を用意します。

ハマノーンハマノーン

ワシの学会のあとの温泉は、研修費だな?

すずきすずき

それは温泉です。

開業した年の確定申告

開業した年は、確定申告でいちばん手間がかかる年です。

  • 開業の前に払った物件の契約、内装、広告、医療機器の準備などのお金を、開業費や減価償却する資産に分ける
  • 勤めていた病院の給与と、開業してからの診療所の数字を合わせる
  • 開業から2か月以内に青色申告の承認申請書を出しているか確かめる(出していないと、その年は白色申告になる)
  • 開業資金の借入れの利息と元本を分ける(経費になるのは利息だけ)
  • 医療機器のリースと、買い取りの機器を分ける

ここで決めた資産の分け方や減価償却の年数は、そのあと何年も続きます。
開業した年だけでも先生に見てもらう価値が大きいのは、このためです。

医療・クリニックで任せられること・任せられないこと

仕事誰がやるか契約
確定申告を頼む先生探し・日程調整社畜る(セブンコード)紹介料0円
窓口の入金・支払基金と国保連からの振込・自由診療のカード入金の記帳、保険診療と自由診療の仕分け社畜る(セブンコード)お客さまとセブンコード
医薬品・医療材料・リースの請求書の整理、支払いの準備社畜る(セブンコード)お客さまとセブンコード
申告に使う書類(源泉徴収票・支払調書・リースの契約・控除の証明書など)の取りまとめ社畜る(セブンコード)お客さまとセブンコード
確定申告書・青色申告決算書と付表の作成と提出、消費税の申告チームの税理士・公認会計士の先生お客さまと先生
概算経費の特例を使うかの判断、減価償却・家事按分の判断、節税・医療法人化の相談、税務調査の立ち会いチームの税理士・公認会計士の先生お客さまと先生
スタッフの社会保険・労働保険の手続き社会保険労務士の先生お客さまと先生
医療法人の設立や届け出の書類行政書士などの先生お客さまと先生
レセプト(診療報酬の請求書)の作成・点検クリニックの医療事務ー
経費にするかの最終判断・納税お客さまー

申告と税金の相談は、税理士の先生の仕事です。
セブンコードは、そこに手を出しません。
そのかわり、先生が仕事をしやすいように、帳簿を収入の種類ごと・支出ごとに整えて渡すところまでを引き受けます。

医療・クリニックの確定申告の流れと、誰が何をするか

確定申告は、大きく6つのステップで進みます。
社畜るの相談を使うと、それぞれを誰がやるかは次のようになります。

ステップやること自分でやる場合社畜るの相談を使う場合
①書類を集めるレシート・請求書・通帳・支払基金などの通知・源泉徴収票・控除の証明書を集める院長院長は写真やデータで送るだけ。社畜るが集めて整理
②帳簿をつける1年分の収入と経費を、保険診療・自由診療・その他に分けて記帳する院長・家族社畜るの経理代行(毎月)
③数字を確かめる振込と請求の照らし合わせ、年末の未収と在庫、減価償却院長社畜るが整理し、判断が要るところは先生へ
④税金を計算する概算経費の特例をくらべる、控除を入れる、所得税・消費税を計算する院長先生
⑤申告書をつくって出す確定申告書・青色申告決算書・付表をつくり、e-Taxなどで提出院長先生
⑥納税する3月15日までに所得税を納める(振替納税なら4月)院長院長(先生が金額をお知らせ)

院長の手元に残るのは、書類を送ることと、先生の説明を聞いて納税することだけです。
②と③を毎月片づけておくのが、2月に慌てないいちばんの近道です。

医療・クリニックで、確定申告を税理士に任せたほうがいいケース

確定申告は、自分でやることもできます。
ただ、クリニックでは次のような場合、税理士に任せたほうが結果的に安くつくことが多いです。

①開業した年

上で書いたとおり、開業費や資産の分け方を決める年です。
ここでのまちがいは、そのあと何年も引きずります。

②概算経費の特例の境目にいる

社会保険診療報酬が5,000万円、総収入が7,000万円の近くにいるときは、特例が使える年と使えない年が出てきます。
実際の経費とくらべてどちらが得か、専従者給与をどうするかまで含めた計算は、先生に頼むのが確実です。

③自由診療・健診・物販が増えてきた

自由診療が増えると、消費税と個人事業税の計算が一気に複雑になります。
課税事業者になるかどうかの判定も、前の年の数字で決まるので、気づいたときには手遅れということになりがちです。

④所得が増えて、医療法人にするか迷っている

個人の開業医には所得税、医療法人には法人税がかかります。
所得が大きくなると、医療法人にしたほうが税金が少なくなる場合がある一方で、届け出や手続き、お金の自由度など、税金以外の変化もあります。
数字を出して比べられる先生に、早めに相談するのがいちばん早いです。

⑤診療が忙しくて、毎年期限ギリギリになる

確定申告の期間は、原則として翌年の2月16日から3月15日までです(国税庁 No.2020)。
期限を過ぎると、加算税や延滞税がかかることがあります。
冬はインフルエンザなどで外来がいちばん混む時期です。毎年ギリギリになるなら、それ自体が「人に任せる」サインです。

自分でやってもいいケース

一方で、開業して何年もたっていて、自由診療がほとんどなく、医療機器の入れ替えも少ない、という院長なら、会計ソフトや国税庁の確定申告書等作成コーナーで自分で申告するのもありです。
申告の中身がシンプルなら、税理士の費用のほうが高くつくこともあります。
迷ったら、最初の1年だけ先生に頼んで、2年目からは同じ形で自分でやる、という頼み方もあります(先生が受けてくれるかは面談で確かめてください)。

ハマノーンハマノーン

ワシは①と③と⑤だ。今年は美容の自費メニューも始めたからな。

すずきすずき

自費を始めた年は、消費税の判定が動く年です。今年こそ先生に見てもらいましょう。

医療・クリニックの確定申告を税理士に頼むメリット・デメリット

メリット

  • 診療に時間を使える:年明けの書類整理と調べものの時間を、診療や休息に回せます
  • 正確に申告できる:保険診療と自由診療の分け方や、減価償却・家事按分のまちがいが減ります
  • 節税の相談ができる:概算経費の特例、専従者給与、医療法人にする時期まで相談できます
  • 税務調査のときに心強い:接待交際費や家事按分など聞かれやすい点を、申告の中身を知っている先生と一緒に説明できます
  • 融資や補助金の相談がしやすい:医療機器の買い替えや分院の借入れを相談するとき、税理士が関わった決算書は説明しやすくなります

デメリット

  • 費用がかかる:相場は次の章で出します
  • 書類のやりとりの手間がある:通帳・支払基金などの通知・請求書・源泉徴収票を集めて渡す作業は残ります
  • 数字が見えにくくなる:任せきりにすると、自由診療がどれだけもうかっているのかが見えにくくなります

デメリットのうち「やりとりの手間」は、記帳を社畜るに回すとかなり減ります。
通知や領収書はデータで送っていただければ、ウチが収入の種類ごとに帳簿にして、先生にはまとめて渡すからです。
「数字が見えない」も、毎月の帳簿を保険診療・自由診療ごとに見られる形でお返しするので、任せきりになりません。

ハマノーンハマノーン

費用がかかるのか……。ワシは医療機器のローンも残っておるんだぞ。

すずきすずき

まちがった申告で、あとから税金を追加で払うほうが痛いです。

医療・クリニックの確定申告を税理士に頼む費用の相場

税理士の料金は、事務所ごとに自由に決められます。
クリニック・医院に絞った目安としては、税理士紹介サービスの集計で、次のような数字が出ています。

区分年間の顧問料の平均出典
個人医院約45万円(月にすると3万〜4万円ほど)税理士ドットコム
医療法人約65万円(月にすると5万〜6万円ほど)税理士ドットコム

出典:税理士ドットコム「クリニックの税理士費用の相場はいくら?」(同社の紹介サービスでの2016年12月〜2024年11月の集計。2026年10月21日に確認)。同じ記事の実例では、売上高や診療科、頼む範囲によって年間の顧問料に大きな幅があります。

業種をしぼらない確定申告の目安は、次のとおりです。

頼み方費用の目安出典
確定申告書の作成だけ(帳簿は自分でつくる)数万円弥生
帳簿づくりから頼む・売上500万円未満10万円弥生
帳簿づくりから頼む・売上500万〜1,000万円未満15万円弥生
帳簿づくりから頼む・売上1,000万円以上20万円弥生
顧問契約(記帳代行あり)月額3万円弥生
顧問契約(記帳代行なし)月額1万円程度弥生

出典:弥生「確定申告を税理士に依頼する費用相場」(2026年1月30日更新、2026年10月20日に確認)。実際の料金は、売上・取引の数・頼む範囲で変わります。

クリニックは売上の金額が大きく、取引の数も多いので、一般的な目安より高くなりやすい業種です。
この表で見てほしいのは、帳簿づくりから頼むかどうかで、1年の費用が大きく変わるところです。

費用が決まる5つの要素

  1. 売上高:売上が大きいほど、確かめる取引が増えます
  2. 頼む業務の範囲:申告書の作成だけか、記帳・給与計算・年末調整まで頼むか
  3. 顧問かスポットか:毎月の相談込みか、年1回の申告だけかで、1年の合計が変わります
  4. 消費税の申告があるか:自由診療が増えて課税事業者になると加わります
  5. 開業した年か、医療法人にする年か:資産の分け方や、法人にする前後の申告が加わります

費用を抑える5つのコツ

①2〜3月に駆け込まない
確定申告の時期は、税理士事務所がいちばん忙しい時期です。
駆け込みの依頼は、受けてもらえなかったり、割増になったりすることがあります。前の年の秋までに相談しておくのが安全です。

②記帳を先生に頼まない
帳簿づくりまで頼むと、費用は大きく上がります。
記帳を自分でやるか、税理士より安い記帳代行に回すと、先生に払うのは申告の分だけにできます。

③保険診療と自由診療を毎月分けておく
1年分をあとから分けると、そのぶん先生の作業が増えます。毎月分けて記帳しておくだけで、確かめる時間が減ります。

④医療機器を買う前に相談する
買う時期や、リースか買い取りかで、その年の経費が変わります。高い機器は、契約の前に一度先生に見てもらってください。

⑤見積もりは「1年の合計」で比べる
申告書の作成料が安く見えても、記帳・付表・消費税の申告・年末調整を足すと高くなることがあります。
見積もりは、記帳から申告・納税までの1年分の合計で比べてください。

ハマノーンハマノーン

コツの②は、自分で記帳しろということか?ワシは診察で手いっぱいだぞ。

すずきすずき

自分でやらなくていいです。記帳は月額500円〜でウチに投げてください。

社畜るの医療・クリニックの確定申告の相談が選ばれる5つの理由

①紹介料0円

お客さまからいただく紹介料は0円です。
お支払いいただくのは、先生への申告の費用と、経理代行を頼んだ場合の経理代行の料金だけです。

一般的な税理士紹介サービスも、相談する側は無料のところが多いです。
ただ、契約が決まると税理士の側が紹介サービスに手数料を払う形が多く、税理士事務所が書いた比較記事では、その手数料を「年間顧問料の50〜70%相当」としています(2026年10月15日に確認)。
社畜るが紹介するのは、セブンコードのチームの先生です。紹介料のしくみで料金が上乗せされる形ではありません。

②記帳を経理代行に回して、申告の費用を抑えられる

帳簿づくりから税理士に頼むと、相場では申告の費用が大きく上がります(上の相場の表)。
社畜るなら、記帳だけは月額500円〜(記帳のみ・月10仕訳まで)。
保険診療と自由診療の売上、医薬品の仕入れ、リース料はウチが分けて帳簿にして、先生には申告と税金の相談に集中してもらえます。

③先生はセブンコードのチームの税理士・公認会計士

紹介するのは、セブンコードのチームに入っている先生です。
セブンコード自身の経理の数字も、公認会計士・税理士の先生も入った経理チームが確認してから使っています。

④経理も採用も業務も、窓口ひとつ

確定申告の相談、記帳、先生への連絡、さらに医療事務や受付スタッフの採用まで、窓口は社畜るひとつです。
セブンコードは2007年6月の設立から、20年近く採用代行と業務代行を続けてきました。
「申告は片づいた。でも受付の人が足りない」となっても、別の会社を探し直す必要はありません。

⑤経理代行は初期費用0円・縛りなし・最短3日で開始

記帳や経理も一緒に頼む場合、経理代行は初期費用0円・最低契約期間なし。
経理をまるごと任せる場合も、最初の2時間は無料でお試しいただけます。
お問い合わせから最短3日で始められます。

ハマノーンハマノーン

紹介料0円で、記帳も安い。ワシは②で決めたぞ!

すずきすずき

④も見てください。申告のついでに、受付スタッフの採用も投げられます。

なぜ紹介料0円で、記帳が月額500円〜なのか?

社畜るは、経理だけでなく、採用・事務・営業の手伝いなど、たくさんの業務代行をまとめて回している会社です。
記帳も、作業の手順をマニュアルにして、決まった流れで回しています。
人を採って一から育てる手間がかからないぶん、人がやるのに安くできます。

先生のご紹介は、記帳や経理を一緒に頼んでいただくきっかけでもあります。
だから紹介料はいただいていません。
振込の照らし合わせなどをAIで時短して、さらに安くする提案も可能です(AI業務代行)。

提供の裏側の会話

ハマノーンハマノーン

すずき、開業医の確定申告って、結局は先生を紹介して終わりだろ?

すずきすずき

紹介して終わりにすると、だいたい2月に困ります。

ハマノーンハマノーン

なんでだ?

すずきすずき

先生は申告書をつくる人です。院長室の段ボールから支払基金の通知を探す人ではないので。

ハマノーンハマノーン

……ワシの院長室か。

すずきすずき

なので、通知と領収書を保険と自費に分けるところはウチがやります。先生には、整った帳簿だけ渡します。

ハマノーンハマノーン

先生も楽、ワシも楽。すずきだけ大変だな!

すずきすずき

大変ですが、毎月少しずつやるので、2月に徹夜はしません。

医療・クリニックの確定申告の相談の料金

頼むこと担当料金
確定申告を頼む先生のご紹介社畜る紹介料0円
記帳だけ(月10仕訳まで)社畜るの経理代行月額500円〜
経理をまるごと(診療報酬の振込の確認・保険診療と自由診療の集計・医薬品の請求書の整理・支払いの準備など)社畜るの経理代行1時間3,000円(例:月20時間で6万円)。最初の2時間は無料
確定申告書・付表の作成と提出・消費税の申告・税金の相談チームの税理士・公認会計士の先生先生とお客さまの契約(先生ごとに見積もり)

経理代行は、初期費用0円・最低契約期間なしです。
クリニックは取引が多いので、仕訳が月10件を超えることがほとんどです。仕訳数や頼む範囲に合わせて見積もりします。

経理代行の料金

月額500円〜

記帳だけなら、月10仕訳までこの料金。

「記帳だけ頼みたい」も「経理をまるごと任せたい」も、必要な分だけ。たとえば、こんな頼み方。

帳簿をつける

記帳のみ

記帳だけ経理代行

月額500円〜記帳のみ・月10仕訳まで

  • 領収書・通帳の仕訳を入力
  • お使いの会計ソフトに入れて納品
  • 仕訳が増えたら、仕訳数に合わせて見積もり

こんな方に:仕訳が少ない個人事業主・創業期の会社

まるごと任せる

人が担当

経理をまるごと業務代行

1時間3,000円例:月20時間で6万円。明朗会計

  • 記帳・請求・入金確認・経費精算・財務3表まで
  • 作業の手順はマニュアルに残すので、引き継ぎも安心
  • 税務も窓口ひとつで相談OK(税理士・公認会計士の先生が担当)

こんな方に:経理担当が辞めた/雇うほどではない

経理以外の業務も、組み合わせて見積もりします。※500円〜は記帳のみ・月10仕訳までの価格です。経理をまるごと任せるプランは1時間3,000円(明朗会計)。

ハマノーンハマノーン

結局、ワシは毎年いくら払うんだ?

すずきすずき

先生の申告の費用と、経理代行の分です。先生の見積もりが出たら、1年の合計でお見せします。

クリニックの確定申告、先生に投げてください。

紹介料0円で税理士・公認会計士の先生をご紹介。保険診療と自由診療の記帳は月額500円〜で引き取ります。

確定申告の相談なら社畜る

平日10〜19時(メールは24時間受付)

電話で相談する 03-4400-1040

一般的な頼み方と、社畜るの違い

頼み方申告の費用記帳探す手間向いている人
自分で会計ソフトや作成コーナーを使うソフト代だけ自分なし自由診療が少ない・開業して何年もたつ・時間がある
税理士事務所に直接頼む事務所ごと(相場は上の表)事務所に頼むと上乗せ医療に強い先生を自分で探して比べる頼みたい先生が決まっている
一般的な税理士紹介サービス・比較サイト事務所ごと(相談は無料が多い。手数料は税理士側)事務所に頼むと上乗せ少ない選び方が分からない
社畜るの確定申告の相談先生ごとに見積もり。紹介料0円社畜るの経理代行(記帳だけ月額500円〜)少ない。ご希望を伺って先生を紹介診療が忙しくて探す時間がない・記帳もまとめて安くしたい

どのルートでも、最後は「この先生に任せたいか」で決めるのが失敗しないコツです。
社畜るの紹介は、チームの先生をおつなぎする形です。
「クリニックの近くで、どうしても対面で」というご希望には、ほかの探し方が合うこともあります。そういう場合も、正直にお伝えします。

医療・クリニックの確定申告を頼む税理士の選び方

面談のときに、次のことを確かめてみてください。

#確かめることなぜ確かめるか
1医療機関の申告を見ているか付表の書き方、概算経費の特例、保険診療と自由診療の分け方を、すぐ分かってくれる
2同じ診療科のお客さまがいるか診療科によって、自由診療の割合や医療機器の使い方が違う
3毎月の数字を見せてくれるか年1回の申告だけでなく、毎月の試算表で経営の状態を報告してくれると、手を打つのが早くなる
4費用に何が入っているか、はっきり示してくれるか付表・消費税の申告・年末調整・記帳が別料金のことがある
5専門用語をわかりやすく説明してくれるか院長が納得して判断できるかどうかが変わる
6税務調査のときにどう動いてくれるか立ち会いが費用に入るか、院長の立場に立って説明してくれるか
7連絡の方法と、返事が来るまでの時間診療中は電話に出られない。メールやチャットで回せるか
8医療法人にするときの相談ができるか所得が増えたとき、個人と法人の税金を比べてもらえる

PHC メディコムの税理士の条件を書いたコラムでも、医療機関の顧問先が多いこと、毎月の試算表で状況を報告してくれること、料金をはっきり示してくれることなどが、信頼できる税理士の条件として挙げられています。
経理の情報をまるごと預ける相手なので、守秘義務を守るのは当然として、話しやすさや相性も大事です。

相手が税理士として登録されているかは、日本税理士会連合会の税理士情報検索で確かめられます。
社畜るの紹介なら、個人か医療法人か、診療科、自由診療の割合、頼みたいこと、やりとりの方法のご希望を先に伺ってから、先生をおつなぎします。

ハマノーンハマノーン

8つも確かめるのか。ワシは問診票より長いのは苦手だぞ。

すずきすずき

社畜るなら、ご希望を先に伺ってからおつなぎします。面談では、気になるところだけ聞いてください。

確定申告を頼むならいつまで?クリニックの1年のスケジュール

2026年分の確定申告の期間は、2027年2月16日(火)から3月15日(月)までです(期間は国税庁 No.2020)。
ただ、税理士に頼むなら、動き出すのはもっと前です。

時期やること
開業したとき開業届・青色申告の承認申請書(開業から2か月以内)・専従者給与の届出を出すかを先生に相談
毎月窓口の入金・支払基金と国保連の振込・自由診療のカード入金・医薬品の請求書・給与を記帳する(社畜るの経理代行に回せます)
夏〜秋(7〜11月)先生に相談・面談。頼む範囲と費用、概算経費の特例の見込み、医療法人化や消費税の判定を確かめる
12月医療機器を年内に買うか、スタッフの年末調整の準備(先生と)
1月源泉徴収票・支払調書・控除の証明書など、年が明けてから届く書類を集める。年末の未収と在庫を確定させる
2月16日〜3月15日先生が申告書と付表をつくり、提出。所得税を納める
3月31日消費税の申告と納付の期限(課税事業者の場合)

いちばんの失敗は、2月に入ってから先生を探しはじめることです。
この時期は税理士事務所がいちばん忙しく、受けてもらえないこともあります。
社畜るでも、時期によってはご希望に沿えないことがあるので、早めにご相談ください。

期限を過ぎた・過去の分が心配な場合

期限を過ぎても、申告はできます。
加算税や延滞税がかかることがあるので、気づいた時点で早めに出すのが基本です。
納めすぎた税金を返してもらう還付申告は、その年の翌年1月1日から5年間出せます(国税庁 No.2030)。
過去の分をまとめて頼めるかは先生ごとに違うので、まずはご相談ください。

医療・クリニックの確定申告を頼む前に準備しておく書類

先生に頼むときは、次の書類をそろえておくと話が早く進みます。

書類中身
前の年の確定申告書の控え青色申告決算書・付表《医師及び歯科医師用》も
社会保険診療報酬の通知支払基金・国保連などからの振込の通知(請求先ごと)
窓口・自由診療の売上がわかるものレセコンや電子カルテの月の集計、カード決済の明細
通帳・クレジットカードの明細事業用のもの
仕入れと経費の請求書・領収書医薬品・医療材料・検査の外注・家賃・リースなど
給与の書類スタッフの給与の明細、社会保険料の通知、専従者給与の届出の控え
医療機器・内装の書類見積書・契約書・リースの契約書
借入れの書類返済予定表・利息の明細
ほかの所得の書類非常勤先の源泉徴収票、講演料・原稿料の支払調書
控除の証明書・届出書の控え生命保険料・小規模企業共済・ふるさと納税など。開業届・青色申告承認申請書など

書類がバラバラでも大丈夫です。
記帳を社畜るに回せば、写真やデータで受け取って、会計ソフトに入れたうえで先生に渡します。

ハマノーンハマノーン

ワシの源泉徴収票は、どこの病院の分がどこにあるか思い出せん。

すずきすずき

非常勤先に頼めば出し直してもらえることが多いです。1月のうちに集めておきましょう。

導入事例:セブンコードの経理は外注費が月50万→20万以下に

紹介する先生が入っている経理チームの実例は、セブンコード自身の経理です。
経理の仕組みを作り直して、経理の作業を月160〜200時間から70時間以下に、経理まわりの外注費を月50万円から20万円以下にしました。

やったこと

  • 仕訳・領収書の処理・財務3表(C/S・B/S・P/L)・部署ごとの月報シートへの転記・未入金の連絡まで、経理の流れを一から設計し直した
  • 会計ソフトはマネーフォワード クラウド会計にそろえた
  • 数字は、公認会計士・税理士の先生も入った経理チームが確認してから使う

結果:経理の作業は月160〜200時間 → 70時間以下。経理まわりの外注費は月50万円 → 20万円以下。

うまくいかなかったこと

最初は、自社のC/S(キャッシュフロー計算書)のルールを確かめないまま仕組みを作りました。
初月は数字が合ったのに、2か月目以降まったく合わなくなりました。
原因は設計不足です。ルールを一から設計し直して、作り直しています。

クリニックの記帳でも、最初に分け方を決める

部署ごとに数字を分けるのは、クリニックで保険診療・自由診療・その他を分けるのと同じ考え方です。
分け方のルールを最初に決めずに回すと、申告の前に数字が合わなくなります。
だから記帳を引き受けるときは、まずクリニックの経理を一度回してみて、収入の分け方・通知や明細の送り方を決めてマニュアルにし、先生が見やすい帳簿の形に整えてから回していきます。

クリニックの確定申告、ウチに投げてください。

チームの税理士・公認会計士の先生を紹介料0円でご紹介。保険診療と自由診療の記帳は月額500円〜で引き取ります。

確定申告の相談なら社畜る

平日10〜19時(メールは24時間受付)

電話で相談する 03-4400-1040

ご利用の流れ

お問い合わせから先生のご紹介まで、全国どこでもオンラインで進められます。

お問い合わせ

フォームか電話(03-4400-1040・平日10〜19時)でご連絡ください。メールは24時間受け付けています。
診療中で電話に出にくい方は、フォームに「折り返しの時間」を書いていただければ合わせます。昼休みや診療のあとでも大丈夫です。

打ち合わせ(オンライン)

個人か医療法人か、診療科、開業した年、自由診療の割合、青色か白色か、記帳を誰がやっているかを伺います。
相談は無料です。

先生のご紹介・面談

ご希望に合わせて、チームの税理士・公認会計士の先生をご紹介します。
面談で状況を伺い、先生から申告の費用の見積もりをお出しします。

先生と契約

内容と金額にご納得いただけたら、先生と契約していただきます。
記帳・経理も頼む場合は、セブンコードとの経理代行の契約も合わせてご案内します。

スタート

記帳はセブンコード、申告と税金の相談は先生。
窓口は社畜るひとつで回していきます。

よくある質問

紹介料は本当に0円ですか?

はい。お客さまから紹介料はいただきません。
お支払いいただくのは、先生への申告の費用と、経理代行を頼んだ場合の経理代行の料金です。

開業したばかりの小さなクリニックでも相談できますか?

できます。開業した年の個人のクリニックから、医療法人までご相談いただけます。
医療法人の決算申告と毎月の相談は、顧問税理士の紹介のページもご覧ください。

歯科医院でも頼めますか?

頼めます。歯科医院も、付表《医師及び歯科医師用》や社会保険診療報酬の特例など、論点はほぼ同じです。
自費の補綴や矯正が多い歯科医院は、自由診療の分け方がより大事になります。

確定申告の費用はいくらですか?

売上や頼む範囲で変わるので、ご紹介のときに先生から見積もりをお出しします。
一般的な目安として、クリニック・医院の年間の顧問料の平均は、個人医院で約45万円という集計があります(税理士ドットコム)。

税理士でない業者に確定申告を代行してもらってもいいですか?

申告書の作成や提出の代行は、税理士の独占業務です。税理士でない人が反復して行えば、無料でも違反になります。
記帳の代行は独占業務に入らないので、社畜るは記帳まで、申告はチームの先生、と分けています。

概算経費の特例を使えるかどうか、見てもらえますか?

使えるかどうか、使ったほうが得かの判断は、チームの先生がします。
社畜るは、その判断に使う帳簿(社会保険診療と自由診療を分けた収入と経費)をつくるところを引き受けます。

レセプトの作成や点検も頼めますか?

レセプトの作成・点検は医療事務の仕事なので、確定申告の相談の範囲には入りません。
社畜るが引き受けるのは、振込の通知や月の集計表をもとにした記帳です。

税理士に払った費用は経費になりますか?

事業所得の申告を頼んだ費用は、一般的に必要経費にできます。
どう処理するかは、申告をお願いする先生に確かめてください。

2月・3月に入ってからでも間に合いますか?

まずはご相談ください。
ただ、この時期は先生がいちばん忙しく、ご希望に沿えないこともあります。来年の分は、秋までのご相談をおすすめします。

医療法人にする相談もできますか?

医療法人にしたほうがいいかの相談は、申告をお願いする先生にできます。
設立の手続きまで受けられる先生は限られるので、まずはご相談ください。

紹介された先生を断ってもいいですか?

大丈夫です。契約は、内容と金額にご納得いただけてからです。
ほかの先生をご希望の場合は、ご相談ください。

地方のクリニックでも頼めますか?

頼めます。打ち合わせから先生との面談まで、全国どこでもオンラインで進められます。

まとめ:クリニックの確定申告は先生に、記帳は社畜るに投げてください

医療・クリニックの確定申告は、保険診療と自由診療の分け方、付表の書き方、概算経費の特例、消費税と個人事業税での社会保険診療の扱い、開業した年の資産の分け方など、医療ならではの判断が重なります。
申告の代行ができるのは、税理士だけです。
社畜るなら、確定申告を頼める税理士・公認会計士の先生を紹介料0円でご紹介。
毎月の記帳は経理代行(記帳だけなら月額500円〜)にまとめて、先生には申告に集中してもらえます。

院長は診察に、申告は先生に、記帳はウチに。
秋のうちに相談しておけば、2月に院長室で電卓をたたかずに済みます。

関連ページ:確定申告の相談/経理代行/記帳代行/医療・クリニックの経理代行

ハマノーンハマノーン

よし、院長室の段ボールは全部社畜るに投げるぞ!

すずきすずき

投げてください。保険の通知と自費の明細は、できれば分けてくださいね。

ハマノーンハマノーン

それはすずきが分けろ!では、今日はこの辺で、GOOD BLACK😈

私達が御社のクリニックの経理の社畜になります。

確定申告の先生は紹介料0円でご紹介。記帳は月額500円〜、申告は先生。窓口は社畜るひとつです。

確定申告の相談なら社畜る

平日10〜19時(メールは24時間受付)

電話で相談する 03-4400-1040
鈴木陽介
執行役員
鈴木陽介
株式会社セブンコード 執行役員・経営戦略室部長。企業のマーケティング支援で売上アップを担当。社内でも経理・労務・採用のAI化を自分で回し、マネーフォワード×AIで経理の作業を月160〜200時間から70時間以下に、外注費を月50万円から20万円以下に削減。ITパスポートの参考書『えろ勉』共著(Amazon コンピュータ・情報通信部門1位)。
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